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首先，对包装材料没有特殊要求。在环氧乙烷等传统灭菌方式中，有些操作需要使用特殊的包装材料。灭菌后需装箱，过程中可能产生二次污染。但是，辐照灭菌可以操作包装好的和满盒的成品。灭菌后直接装车运走，无需拆装，不存在二次污染的风险。
另一个优点是在辐照灭菌过程中没有化学残留物。环氧乙烷的使用需要环境保护。应考虑有毒气体对环境的影响。此外，环氧乙烷是一种有毒物质。灭菌后需要解决，以满足国家标准要求的产品放行标准。然而，无论如何分解，都会有残留的环氧乙烷分子。相比之下，辐照灭菌方式没有残留问题。因为它使用辐射，所以物品只接受辐射的能量。这是一个物理消毒过程。不添加化学物质，与放射性物质没有直接接触，因此既没有化学残留物，也没有放射性污染。
辐照灭菌最明显的优点是目前使用的原因之一，即灭菌过程所需时间较短。一般来说，在大型辐照站，一批产品可以在两到三、四个小时内灭菌。如果使用加速器，速度会更快，所需时间也会更短。这与环氧乙烷相比不是一个数量级，环氧乙烷通常在数天内消毒，在数小时内辐照。
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